V první řadě je nutno brát na vědomí, že internetové bankovnictví pracuje s vašimi financemi, a proto se musí brát velký zřetel na jeho bezpečnost. Systém ochrany internetového bankovnictví je složen z několika zásadních prvků, které jsou na sobě nezávislé. Chybí-li třeba i jen jediný prvek, nebo však nesouhlasí, nemůžete provádět žádné transakce či měnit nastavení na účtech.
Většinou je pro přihlášení do internetbankingu používáno klientské ID a heslo. Někdy se také používá k autorizaci bance, když potřebujete potvrdit platební, nebo zřídit zřídit trvalé příkazy, nebo změnit nastavení. Existuje však také další možné způsoby zabezpečení. Některé banky nabízí autorizaci kódem z TAN, což je tabulka autorizačních čísel, a nebo pošlou klientovi autorizační kód v zabezpečené SMS. Další možností je také autorizování transakcí pouhým heslem do určitého limitu. Čipová karta s klientským certifikátem, u které lze rozpoznat uživatele pomocí čtečky připojené k PC, je zcela kompletním zabezpečením.
Následujícími doplňkujícími prvky jsou grafická klávesnice, možnost zablokování účtu, možnost často měnit heslo a zasílání informací o transakcích, které banka přijala. Díky autorizaci klientským certifikátem je k bezpečnosti přidáno i to, že lze denně převést výše prostředků, která je omezená jistým maximálním limitem.
Rizikovým faktorem těchto bezpečnostních prvků je sám uživatel, protože právě na něm je dodržování všech bezpečností, která jsou dána bankou, hlavně bezpečnostní údaje, dodržování bezpečnostních pravidel a ochrana jeho účtu. Ani rodinným příslušníkům, zkrátka nikomu nesdělujte své bezpečnostní údaje, nepoužívejte veřejné počítače a používejte pouze ta zařízení, která dobře znáte.
Nejlépe si zabezpečíte všechna data na svém zařízení tím, že si ho maximálně ochráníte, a to tak, že budete dodržovat aktuální bezpečnostní opravy v operačním systému, zapnete si antivirovou kontrolu a aktivujete si bránu Firewall v operačním systému.